では、なぜ6歳という区切りが出てくるのでしょうか?

これは6歳までは歯の形成期と言って永久歯の歯を一生懸命細胞が作っている時期です。

この時期までにフッ素を過剰に摂取すると歯の表面に白い点状の白濁と呼ばれる模様をつけてしまうため、その時期を超えるのを待ってから使用することを勧めていると思われます。